Het tracé via de Breestraat is hiermee wat de provincie betreft definitief van de baan. De gemeente Leiden neemt 25 november 2008 hierover een besluit. De meerkosten van het tracé via de Hooigracht en Langegracht blijven binnen de bandbreedte die de gemeente en provincie in het voorjaar hebben afgesproken. Het kostenverschil met het tracé via de Breestraat bedraagt 17,7 miljoen euro. Hiervan komt 12,5 miljoen euro voor rekening van de provincie, de overige 5,2 miljoen euro zijn voor de gemeente Leiden.
Beide partijen willen de overeenkomst voor het einde van dit jaar ondertekenen. Vanaf 2015 rijdt de RijnGouwelijn in Leiden dan van Leiden Lammenschans via de Hooigracht, de Langegracht en het Schuttersveld naar Leiden Centraal Station en verder. Dit kan alleen als de Hooigracht autoluw wordt en het doorgaande verkeer via een nieuw aan te leggen Ringweg Oost gaat rijden. Uiterlijk 1 januari 2014 wordt met de bouw van de RijnGouwelijn over de Hooigracht en Langegracht gestart.
Het tracé kan direct als dubbelspoor worden aangelegd, waardoor de reistijden binnen Leiden betrouwbaarder worden. Daarnaast scoort het tracé via de Hooigracht en de Langegracht beter op verkeersveiligheid ten opzichte van het aanvankelijke tracé via de Breestraat, onder meer doordat er meer ruimte blijft voor vrijliggende fietspaden, aldus stelt de provincie.